西伯利亚鲟体呈长纺锤形，向尾部延伸变细，形与生物学特性极似小体鲟。个体小，性成熟个体一般全长90--130厘米，最长达2米，体重一般为20～25千克，最重200千克。体全长为头长的3.7～6.1倍，为体高的6.0～11.1倍。口前有4根圆柱形的吻须，具有喷水孔，口裂小，裂长不超过头侧，下唇中央中断，鳃盖膜不相连。体被5行骨板，在骨板与骨板行间分布着许多小骨板和微小的颗粒。幼鲟时，骨板较尖利；成鲟时，则因骨板磨损而成钝状。背骨板10～20枚；侧骨板32～62枚，一般多为42～47枚；腹骨板7～16枚。背鳍条不分支，鳍条数为30～50条；臀鳍不分支，鳍条数为17～33条。